I dag vil folk, der ønsker at sende varer (eller flytte folk) sandsynligvis indse, at det ikke altid giver mening at holde fast i kun en transportform. F.eks. Kan lasten aflastes fra et skib på en lastbil, som overfører det til et railyard, hvorfra det vil blive flyttet over landet med tog. Intermodal transport kan være mere effektiv og billigere; i nogle tilfælde har det imidlertid udtalt ulemper med hensyn til hastighed og pålidelighed.
Hastighed
Selvom intermodal transport giver fordelene ved relativt lave omkostninger i forhold til andre metoder, opnås det ved at ofre hastighed; når som helst lasten overføres til et forholdsvis langsommere rejsesystem, f.eks. tog, der opererer på faste skinner, der muligvis ikke tilbyder som direkte rute som vejene en lastbil bruger, sænkes den. For at operere ved højeste effektivitet skal intermodal transport også reducere mængden af tid, der venter i depoter, for at en ny luftfartsselskab kan ankomme, eller at lasten skal losses.
Manglende pålidelighed
På grund af sin afhængighed af mere end en transportform er intermodal transport også underlagt en lavere total pålidelighed; efterhånden som kæden af forskellige tilstande vokser, øges muligheden for ethvert led i nedbrydning af kæden. Dette er særlig problematisk, når en af transportmåderne er jernbane; jernbaner er mere modtagelige for forsinkelser indført ved dårligt vejr eller udstyrsfejl. Af denne grund, såvel som bekymringer over hastighed, er afsendere, der kræver pålidelig, højhastighedstransport, mindre tilbøjelige til at overveje intermodale systemer.
Skade
Når lasten skal blandes rundt, risikerer afskibere muligheden for skade, da fragt overføres fra en transportmetode til en anden. Heldigvis kan denne fare blive formindsket, men det betyder generelt at overpakke ved at tilføje mere bracing og beskyttende materiale end normalt anses for tilstrækkeligt. Denne ekstra vægt og udgift modvirker delvist de fordele, som intermodal transport har med hensyn til energieffektivitet og omkostninger.
Høj infrastruktur omkostninger
Den intermodale godstransport lider også af forholdsvis høje infrastrukturomkostninger. Containerisering har sænket omkostningerne og vanskelighederne med at transportere varer ved at standardisere deres form; Afskibere kan nemt flytte den samme beholder fra et skib til et tog til en lastbil. Håndtering af disse containere kræver imidlertid, at afskiberne har de tunge kraner og udstyr, der er nødvendige for at manipulere store containere; Denne infrastruktur eksisterer muligvis ikke på alle steder, især i udviklingslande.
