En organisationsstruktur dikterer, hvordan medarbejdere og ledelse kommunikerer inden for et agentur. Ligesom virksomheder i den private sektor anvender deres organisatoriske strukturer for at nå deres mål om produktivitet og rentabilitet, anvender agenturer i den offentlige sektor organisationsstruktur til at udføre deres opgaver til gavn for alle borgere. Offentlige agenturer er afhængige af den strenge definition af roller inden for organisationsstrukturen for at udføre deres missioner.
Lodret struktur
De fleste statslige organer på alle niveauer bruger den vertikale struktur.Vertikale organisationsstrukturer defineres ved at have en direktør eller afdelingsleder øverst med en række mellemledere og endnu mere lavere niveauer. Afdelingslederne dikterer de operationelle procedurer, mellemledere skaber planer om at gennemføre disse procedurer, og de lavere niveauarbejdere udfører de nødvendige opgaver. Mens de forskellige grene af militærtjeneste står som førende eksempler på vertikal struktur, anvender mange civile agenturer også denne metode.
Vandret struktur
Mens den lodrette struktur fokuserer på hierarki, bruger den vandrette struktur en mere lige indstilling. En vandret struktur bruger færre lag mellem ledelse og arbejdskraft og giver mulighed for mere åben kommunikation mellem disse lag. Selvom det sjældent ses på højeste niveauer af regering, anvendes den horisontale struktur ofte i agenturer med mindre jurisdiktioner, lavere budgetter og færre medarbejdere. Direktøren for en lokal sundhedsafdeling kan f.eks. Bruge en vandret struktur til at kommunikere direkte til inspektører og andre medarbejdere i stedet for at bruge mellemledere.
Afdelingsstruktur
Afdelingsstrukturer adskiller medarbejdere med jobspecialitet eller geografi. Hver afdeling overvåger sine egne operationer med minimal input fra andre afdelinger. For eksempel handler statsafdelingen på føderalt niveau udenrigsanliggender. Inden for statens afdeling er afdelinger, der behandler anliggender relateret til økonomisk vækst, politiske anliggender, våbenkontrol og menneskerettigheder.
Matrixstruktur
En matrix organisationsstruktur bruger et system, hvor relationerne mellem medarbejdere og ledelse etableres som et gitter - eller matrix - i stedet for i det konventionelle hierarki. Matrixstrukturen tillader agenturer med overlappende opgaver at kommunikere med hinanden, men det kan også føre til dobbeltarbejde. For eksempel anvender Direktoratet for Videnskab og Teknologi, en afdeling af Department of Homeland Security, en matrixstruktur til at koordinere dens indsats mod terrorisme.