Ledelsesregnskaber kan være et effektivt værktøj til forretningsplanlægning, strategisk udvikling og intern overvågning. Samtidig er der potentielle problemer, der kan opstå ved udelukkende at stole på ledelsesregnskabsoplysninger. At stole på ledelsesregnskaber kan være farligt og føre en virksomhed i den forkerte retning. Ledere skal være opmærksomme på ulemperne ved ledelsesregnskaber, så de kan evaluere de givne oplysninger på en kritisk måde. Ledere, der kan gøre dette, vil være i stand til at bruge ledelsesregnskabsoplysninger sammen med andre oplysninger til at træffe informerede forretningsbeslutninger.
Manglende standardisering
Finansiel regnskabsmæssig behandling er meget standardiseret, idet regnskabsrevisorer anvender retningslinjer som almindeligt anerkendte regnskabsprincipper (GAAP). I modsætning til dette har ledelsesregnskab ikke et sæt standardprocedurer. En ledelseskonsulent kan udtænke sine egne systemer og beregninger for at evaluere økonomien i en organisation. Ulempen ved dette er, at en revisors metode kan variere meget fra andres metode. Dette kan resultere i uoverensstemmelser i den måde, som finansielle benchmarks og evalueringer måles. Det kræver også, at revisorer er meget mere vidende og i stand til at fortolke de regnskabssystemer, der er udviklet af andre.
Overvægt på kvantitative oplysninger
Kvantitative data kan være værdifulde ved at træffe velinformerede forretningsbeslutninger. Ledelsesregnskaber fokuserer dog udelukkende på kvantitative foranstaltninger og ignorerer faktorer, som ikke kan måles i dollar og cent. Det kan f.eks. Synes at være økonomisk fornuftigt at flytte et produktionsanlæg til en region med lavere lønomkostninger. Ledelsesregnskaber kan beregne lønbesparelser og visse stigninger i omkostninger, der kan opstå (fx fragtomkostninger eller importafgifter). Ledelsesregnskaber kan imidlertid ikke være faktorer i forhold til besparelser relateret til medlemmernes velvilje i regionen eller problemer i forbindelse med PR som kan opstå ved en sådan beslutning. Ledelsesregnskaber er meget rationelle, men nogle gange være helt rationelle kan være en ulempe.
subjektivitet
Ledelsesregnskab giver mulighed for stor subjektivitet ved opstilling af metrics og metoder til måling af ydeevne. Dette er problematisk, fordi revisorens personlige overbevisninger og forstyrrelser kan påvirke måden præstationen måles på. Hvis for eksempel en managementkonto er påkrævet for at måle arbejdstagernes produktivitet, kan hun kun fokusere på output og ikke tage hensyn til medarbejderindgange, som kan have en dybtgående indvirkning på den samlede produktivitet. Dette påvirker både virksomheden og medarbejderne. Virksomheden er berørt, fordi de oplysninger, den bruger, måske ikke er de bedste, og medarbejderne kan blive påvirket, hvis de føler, at de ikke vurderes retfærdigt.
